BIOTROPH - Molecular Ecology (2018)

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Dataset

Licence : CC BY-NC-ND doi:10.25666/DATAOSU-2018-07-17

Data creators : Shinji Ozaki ^[1] ^[2], Francis Raoul ^[1] ^[2], Renaud Scheifler ^[1] ^[2], Clémentine Fritsch ^[1] ^[2], Benoit Valot ^[1] ^[2], Frédéric Mora ^[3], Thierry Cornier ^[4]

[1] : Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (Université de Franche-Comté)

[2] : Observatoire des Sciences de l'Univers - Terre, Homme, Environnement, Temps, Astronomie (UAR 3245) (Université de Franche-Comté)

[3] : Conservatoire botanique national de Franche-Comté - Observatoire régional des Invertébrés

[4] : Conservatoire botanique national de Bailleul

Description :

A data set for the project ‘BIOTROPH’. The aim of this study was to estimate functional role of the taxonomic diversity of available resources in the field on trophic exposure of small mammals (wood mice ‘Apodemus sylvaticus’) to trace metals (TM; principally cadmium, lead and zinc).
The data was composed of (i) TM concentration in soils around the traps for capturing rodents (data from another project ‘STARTT’); (ii) captured wood mice; (iii) diet of wood mice by using the biomolecular analysis ‘metabarcoding’; (vi) abundance (cover-abundance) of plants of three strata (tree, shrub and herb) and abundance (number of individuals) of both ground-dwelling and flying invertebrates collected around the traps for rodents.

Disciplines :

biodiversity conservation (applied biology - ecology), ecology (applied biology - ecology), cell biology (fundamental biology)

Keywords :

biodiversity, diet, ecotoxicology, metabarcoding, soil metal contamination, trace metals

General metadata

Data acquisition date : from Apr 2012 to Jul 2014

Data acquisition methods :

Observational data :
(i) conditions physico-chimiques des sols : échantillons de sols de profondeur 0–25 cm sans litière; (ii) mulots sylvestres capturées : pièges létales de type tapette à souris appâtés par des cacahuètes ; (vi) inventaire des plantes : identification visuelle des plantes et estimation visuelle du recouvrement aux sols ; inventaire des invertébrés : pièges Barber sans toit ni liquide de conservation pour la capture des invertébrés marcheurs et bacs colorés en jaune avec liquide mouillant (eau + savon) la capture des invertébrés volants.
Experimental data :
(i) conditions physico-chimiques des sols : dosage des métaux par IPC-MS (cadmium and plomb) et par ICP-AES (zinc) ; (iii) régime alimentaire des mulots : application du metabarcoding aux contenus stomacaux (CS) des mulots, réalisée par SPYGEN SAS (http://www.spygen.com/fr/, Le Bourget du Lac, France). Les amorces utilisées étaient « trnL g/h » pour les items des plantes générales, « 16SMAVF / 16SMAVR » pour les arthropodes et mollusques et «ewD / ewE » pour les vers de terre.

Update periodicity : as needed

Language : English (eng)

Formats : application/vnd.ms-excel, application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet, text/plain

Audience : Research